转录组

 线上资源    |      2025-04-03

Oxford Nanopore 测序



读长长度不受限

  • 生成全长转录本——已有研究展示20 kb 的单读长转录本

  • 明确鉴定所有剪接变体

  • 对等位基因特异性、异构体水平的基因表达进行准确分析

  • 轻松鉴定反义技术转录本和 lncRNA 异构体

  • 覆盖相同数量转录本所需的读长大约缩减了 50 倍

无扩增直接方案

  • 分析多聚 A 尾长度和转录起始位点

  • 常规检测碱基修饰(例如甲基化)——无需额外制备

  • 使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序,消除扩增偏倚和读长长度限制


易获取且可扩展

  • 满足您各类需求的可扩展设备——便携式 MinION,套装已包含测序试剂

    模块化的 GridION 和 PromethION,具有灵活的通量——同时运行大量的时间过程或治疗研究

  • 使用低成本 Flongle 开发靶向测定法

  • 样本混样建库——降低成本并最大限度地提高实验效率

简化的工作流程

  • 样本制备时间 <3 小时,动手操作时间只需 13 分钟(cDNA-PCR 试剂盒)

  • 选择 3 个独特的试剂盒:cDNA-PCR直接 cDNA 和直接 RNA ——最大限度地减少偏倚,并在速度、产出和表观遗传修饰鉴定方面具有灵活性


实时数据流

  • 当生成足够数据时停止测序——清洗并重复使用测序芯片



白皮书

无偏倚全长转录本的价值

进一步了解长读长纳米孔 RNA 测序如何用于明确的异构体水平基因表达研究,以及直接测序如何进一步消除偏倚,并通过直接 RNA 测序支持碱基修饰的同步检测。 阅读涵盖各种研究领域的案例研究,其中包括纳米孔 RNA 测序如何揭示 CACNA1C 基因(神经精神疾病治疗靶点)前 10 种表达亚型中的 9 种为新型转录本

在我们的资源中心获取更多有关转录组学的内容,包括入门指南、工作流程和视频。

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案例分析

揭示蜂鸟中的异构体水平差异基因表达

蜂鸟在摄入糖分利用度和释放脂肪能量方面表现出惊人的能力,是为研究如何维持高血糖水平而不对健康产生负面影响的绝佳系统。美国约翰霍普金斯大学的 Ariel Gershman 及其同事采用纳米孔测序研究蜂鸟转录组,发现的转录本数量大约是使用短读长测序技术获得的两倍。此外,该团队还展示了全长读长测序如何能够在异构体水平上识别组织特异性基因表达,从而可能为尽量减少高糖水平对人类健康的影响提供新洞察。

“有了我们的长读长,组装这些转录本并辨别哪些转录本是哪些基因表达变得容易很多”

Ariel Gershman,来自美国约翰霍普金斯大学

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